La expedición encabezada por Gonzalo Pizarro partió desde la ciudad de Quito durante el mes de marzo de 1541. En su viaje los expedicionarios sufrieron hambre, enfermedades, y constantemente fueron atacados y hostilizados por las tribus indígenas de la región. Ante la falta de alimentos, Francisco de Orellana tuvo la misión de navegar río abajo en búsqueda de recursos que les permitan continuar.
55 españoles, 2 portugueses, 4 indios quiteños y 2 negros, emprendieron su viaje por las aguas del Napo, en un rústico bote bautizado "San Pedro". Por las características de la afluencia del río y las condiciones de la naturaleza pensó en regresar, pero sus compañeros de expedición se opusieron. Finalmente y tras muchas peripecias, la expedición divisó el mar el 26 de agosto de 1542.
Orellana regresó a España en 1543, donde fue nombrado capitán y gobernador de las tierras exploradas. Posteriormente trató de recorrer el rio, esta vez, desde su desembocadura, sin embargo las duras condiciones de la región lo condenaron a la muerte en 1546, a sus 35 años.
Cabe recordar que el primer europeo que navegó por sus aguas fue Vicente Yáñez Pinzón, capitán de la embarcación marina "La Niña" quien acompañó a Colón en el descubrimiento de América. Yánez en 1499 partió desde España a explorar y conquistar las costas situadas al sur de los lugares ya conocidos por los exploradores. En 1500 llegó sin saberlo a la desembocadura del río.
Cada 12 de febrero, además de conmemora el día de la región amazónica ecuatoriana. Región cimera e importante en la vida nacional por su grande contribución económica, aportando principalmente recursos naturales como el petróleo y otros minerales.